Das Institut wurde Mitte 1991 als Institut für Deutsches und Europäisches Parteienrecht gegründet. Vorausgegangen war seit Ende 1985 das von Prof. Dr. Dr. h.c. Dimitris Th. Tsatsos^† – seinerzeit Professor für deutsches und ausländisches Staatsrecht und Staatslehre – an der FernUniversität in Hagen initiierte und durchgeführte Forschungsprojekt "Das Parteienrecht der EG-Staaten". Tsatsos^† fungierte dann ab 1991 auch als erster Institutsdirektor. Im Jahre 1997 übernahm Prof. Dr. Martin Morlok diese Aufgabe. In dieser Zeit wurde das Institut insbesondere durch seine führende Rolle bei der Aufarbeitung und Aufklärung verschiedener Parteienfinanzierungsskandale national und international bekannt.

Im Zuge der Umstrukturierung der nordrhein-westfälischen Hochschullandschaft fand das Institut im Dezember 2001 seinen neuen Sitz an der Heinrich-Heine-Universität in der nordrhein-westfälischen Landeshauptstadt Düsseldorf. Hier konnte das Aufgabenspektrum des Instituts durch die neue Kooperation mit der politikwissenschaftlichen Parteienforschung erweitert werden. Dem Rechnung tragend, firmierte das Institut an der Heinrich-Heine-Universität zunächst als Institut für Deutsches und Europäisches Parteienrecht und Parteienforschung und damit als gemeinsame interdisziplinäre Einrichtung der Juristischen und der Philosophischen Fakultät. Im Rahmen dieser Erweiterung rückte Prof. Dr. Ulrich von Alemann, damals Inhaber des Lehrstuhls für das Politische System der Bundesrepublik Deutschland, als stellvertretender Direktor in die Institutsleitung ein. Nach achtjähriger erfolgreicher Amtszeit reichte Ulrich von Alemann den Staffelstab weiter. Als ehemaliger Prorektor der Heinrich-Heine-Universität steht er dem PRuF aber weiterhin beratend und unterstützend zur Seite.

Die politikwissenschaftliche Seite vertritt seit dem Sommersemester 2010 der international renommierte Parteienforscher Prof. Dr. Thomas Poguntke, Inhaber des Lehrstuhls für den Vergleich politischer Systeme und Politikfeldanalyse.

Seit dem 1. Januar 2011 wird das PRUF unter dem Namen Institut für Deutsches und Internationales Parteienrecht und Parteienforschung als zentrale wissenschaftliche Einrichtung der Heinrich-Heine-Universität fortgeführt. Dies spiegelt die herausragende Rolle wider, die das PRUF in Bezug auf die Parteienforschung in Deutschland und eben auch international einnimmt.

Nach einungdzwanzigjähriger Amtszeit von Prof. Dr. Martin Morlok trat zum 1. Oktober 2018 Prof. Dr. Sophie Schönberger die Nachfolge als Mitglied des PRUF-Direktoriums an. Zusammen mit Prof. Dr. Thomas Poguntke übernimmt sie nunmehr die Aufgaben des Direktoriums. Dabei wird Professor Poguntke bis zum nächsten turnusmäßigen Wechsel die Rolle des Direktors inne haben, während Professorin Schönberger die Position der stellvertretenden Direktorin bekleidet.

Zum 25-jährigen Jubiläum des PRUFs wurde eine Broschüre erstellt, die die Entwicklung des Instituts noch einmal Revue passieren lässt. Die Broschüre kann hier heruntergeladen werden.